2010年秋，世衛組織官員小林榮子（檀麗 Rei Dan 飾）隨隊前往菲律賓撲滅禽流感，疫情很快得以控制，但仍有感染者私自離開疫區……次年，東京都的某家市立醫院，醫生松岡剛（妻夫木聰 Satoshi Tsumabuki 飾）收治的一名高燒病人入院后情況急轉直下，咳血而死，病人家屬與部分醫生亦因感染而病倒。同時，近郊一家養 雞場內檢測出禽流感病毒，場主神蒼及女兒（池肋千鶴 Chizuru Ikewaki 飾）的平靜生活被打破。
小林榮子受命至此指導防疫，舊相識松岡擔任其助手。疫情迅速擴散，一月之內病亡人數達到兩千，各地出現恐慌，引發國際關注，政府迅速將疫區封鎖。松岡偶然之下得知病毒源頭可能另有所在，國外傳回的檢測結果支持了他的判斷，松岡決定遠赴國外查找病源。在空前的疫情中，松岡、小林以及神蒼每個人都將面臨自己選擇的考驗